区别如下：
一、编外与合同制福利待遇不同
使用编制来管理人员的企业会有编外的人员，编外人员享受不到入编人员所应有的待遇和福利，但是待遇会比合同制的好一些。
合同制，通过签订书面劳动合同和以完成一类工作为期限劳动合同所使用的职工，是很多事业单位的劳务派遣用工形式，待遇很差。
二、编外与合同制应用范围不同
编外一般只有的事业单位才会存在的人员结构，是事业单位在社会转型过程中出现的一种特殊现象。
合同制可以应用于所有的企业单位和事业单位，合同一般采取书面形式，内容包括时限、任务及共同遵守的各项义务等。