双证制度时代
1950年代之前，澳葡政府没有良好身份证明系统制度;当时中国籍的澳门居民到澳门民政厅(及后改由身份证明司处理)申领居住证明，也要到治安警察厅申领居住证明，因此中国籍的澳门居民要同时持有两种身份证才可合法居住。
1980年代起，民政厅(及后改由身份证明司负责)正式发出居民身份证。 同一时期，大量中国内陆非法移民偷渡进入澳门，引致在澳门无证人士日渐增多;1989年龙的行动及1990年"三二九"事件导致澳葡政府对有关中国籍人士进行身份识别登记，及后被获发居民身份证。
居民身份证时代
身份证明司及治安警察厅的"双证制度"没有一个良好的记载资料方式及造成混乱等情况，因此澳葡政府于1992年1月废止了这种"双证制度"，并于同年2月1日起正式向澳门居民发出换发身份证--居民身份证，是为第一代身份证。 及至1996年，由于进入澳门政权移交前的后过渡期并确保过渡顺利，经过中葡联络小组商议后改发不设有效期的新的澳门居民身份证，即第二代身份证。
智能身份证时代
2002年，澳门特区政府根据《澳门基本法》的规定为澳门居民强制更换智能身份证时，把身份证正式分为"澳门永久性居民身份证"及"澳门非永久性居民身份证"两类，标志着澳门出现永久及非永久性的居民身份。 同年12月4日起，身份证明局开始分阶段到学校、公共机构等地点为居民换发智能身份证;2004年3月1日起按编号为未有换发智能身份证人士换证。 2007年2月9日，按编号换领智能卡式澳门特别行政区居民身份证的程序已告结束，而原有澳门居民身份证也于同年8月8日起失效;但身在外地未换证的澳门居民所持有的旧有澳门居民身份证仍然有效，惟回到澳门时需即时更换
2013年9月，澳门行政会发言人梁庆庭和身份证明局长黎英杰，25日下午3时假政府总部介绍《第23/2002号〈澳门特别行政区居民身份证规章〉附件所载的居民身份证的新式样》行政法规草案。
梁庆庭表示，自身份证明局发出第一代接触式智能身份证十年来，智能身份证的相关技术已大为提升，且趋向使用非接触式智能身份证。特区政府决定，由10月31日起，为居民换发新款智能身份证，并停发接触式智能身份证。