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巴士海峡地处北回归线以南，属热带海洋性气候，海洋气象特征突出地表现为高温多雨，季风盛行，雷雨较多，台风影响频繁，是西北太平洋的大浪区之一。受季风的影响，大风大浪频率终年较高。
巴士海峡海峡涨潮流向西，落潮流向东，流速0.5－－3节，最大可达5节。海流流向北，流速l―3节，夏季强、冬季弱。在盛行东北浪的冬季，6级以上的大风频率高达37.5%-40%，大浪频率50%-60%，大涌频率70%，平均波高均在2米以上（11月和12月更高达2.6-3.2米），最大波高7-9.5米。相对于冬季，海峡夏季的海浪要小一些（台风期除外），但大浪大涌的频率仍有20%和30%-40%，平均波高1.5米，最大达6-7米。
此外，巴士海峡经常有热带风暴通过，给海峡和周围地区的航道、渔业以及农业、建筑物等造成巨大影响。