重修后的舫山书院显得古朴典雅，风格独特。书院共三进，左右护厝，还有一幢文昌楼阁，蔚为壮观。据悉，该书院是厦门市典型的闽南明清古建筑，规模较大，原先主要培养参加科举考试的童生，１９０５年科举制度被废除后，书院便改成了近代学堂。后来此处一直作为办学场所，甚至还开办过幼儿园。
据有关人士介绍，当年舫山书院的学员绝大多数是来自贫苦阶层的子弟，地下党人曾在书院积极开展革命活动，许多学员接受革命思想后，纷纷投入大革命的洪流。《小城春秋》作者高云览先生也曾在此任教，并创作了后来被广大读者所赞许的《小城春秋》的雏形《前夜》。
据《马巷厅志》记载，舫山书院由时任马巷厅通制鲍复康创建，于清同治六年（１８６７年）动工，前后历经两年半的时间。舫山书院时至今日已有１３０多年历史。由于损坏严重，此次修建由市委宣传部、市委文明办、市民政局及翔安区有关部门等共同出资，总耗资达１２０万元。